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个人简介 Personal Profile 本科及博士就读于同济大学生命科学与技术学院生物信息学专业，2012年获得学士学位，2017年获得博士学位。2017-2018年在同济大学从事博士后研究，2018-2020年在美国哈佛大学Dana-Farber癌症研究所从事博士后研究。2020年受聘于同济大学生命科学与技术学院任特聘研究员，2023年任教授。主持多个国家级科研项目，包括国家自然科学基金优青项目、面上项目、青年基金等。获得吴瑞奖学金、博士后创新人才支持计划、上海市科技启明星、同济大学追求卓越奖等荣誉支持。担任Nat.Rev. Genet.、Nat. Methods、Nat.Commun.、Cell Genom.、Cell Syst.、Genome Biol.、NucleicAcids Res.、GPB、MSB等领域内杂志独立审稿人。 研究方向Research Directions 生物信息学,单细胞空间多组学,人工智能 2. 机电结构优化与控制 研究内容：在对机电结构进行分析和优化的基础上，运用控制理论进行结构参数的调整，使结构性能满足设计要求。1. 仿生结构材料拓扑优化设计, 仿生机械设计 研究内容：以仿生结构为研究对象，运用连续体结构拓扑优化设计理论和方法，对多相仿生结构(机构)材料进行2. 机电结构优化与控制 研究内容：在对机电结构进行分析和优化的基础上，运用控制理论进行结构参数的调整，使结构性能满足设计要求。1. 仿生结构材料拓扑优化设计, 仿生机械设计 研究内容：以仿生结构为研究对象，运用连续体结构拓扑优化设计理论和方法，对多相仿生结构(机构)材料进行整体布局设计。 整体布局设计。 团队展示 团队介绍：https://wanglabtongji.github.io/people 项目情况 项目介绍：https://wanglabtongji.github.io/software/ 报考意向 招生信息 生命科学与技术学院 硕士研究生 序号 专业 招生人数 年份 1 生物学 1 2023 博士研究生 序号 专业 招生人数 年份 1 生物学 2 2023 报考意向 姓名: 手机号码： 邮箱： 毕业院校： 所学专业： 报考类型： 博士 硕士 个人简历*： 上传附件 支持扩展名：.rar .zip .doc .docx .pdf .jpg .png .jpeg 成绩单*： 上传附件 支持扩展名：.rar .zip .doc .docx .pdf .jpg .png .jpeg 其他材料： 上传附件 支持扩展名：.rar .zip .doc .docx .pdf .jpg .png .jpeg 备注： 提交 科研项目 一、单细胞空间多组学增强、整合和跨模态生成智能算法单细胞和空间多组学技术已经彻底改变了我们对复杂生物系统中细胞异质性的认识。然而，相应的分析目前面临着各种挑战，包括分辨率不足、覆盖范围有限，以及难以整合和生成异质性的多模态数据。为了解决这些问题，课题组开发了一系列智能算法。STRIDE可以改善基于Visium的空间转录组测序的分辨率（NucleicAcids Res. 2022）。CELLIST能够在高分辨率的空间转录组测序数据集中实现准确的细胞分割。SCRIP（NucleicAcids Res. 2022）和SCRIPro利用单细胞和空间多组学数据构建基因调控网络。EvaCCI用于评估细胞间相互作用（GenomeBiol. 2022），SCREE可分析多模态单细胞CRISPR筛选数据（Brief.Bioinformatics 2023）。这些算法提高了单细胞空间组学数据的分辨率，并为诸如单细胞多组学整合、信号增强和构建细胞命运特异性基因调控网络等挑战提供了系统性的解决方案。二、基于生成式人工智能和大规模多模态数据的细胞身份建模多细胞系统中的细胞身份受到内在因素（如基因表达调控）和外在因素（如细胞间相互作用）的调控。课题组前期在小鼠及人类胚胎发育中的工作已经证明了内在表观遗传调控与细胞命运决定之间的紧密关联（Nature 2016; Nat. Cell Biol. 2018; Cell Stem Cell 2018, 2022; Cell Res., 2022）。目前，课题组正在开发基于大规模单细胞多模态数据预训练的生成式人工智能模型。这些模型旨在揭示基因调控、细胞间相互作用和代谢物、力学等其他环境因素对细胞身份调控的协同效应。课题组开发了基于多对抗领域自适应网络的SELINA算法（CellRep. Methods., 2023），使用大规模预训练的人类单细胞RNA测序参考数据集自动注释细胞类型。我们希望利用生成式细胞身份模型，深入了解驱动细胞身份转变的机制，并进一步指导和重塑这一转变过程。三、复杂疾病微环境中细胞身份的多样性、可塑性和与临床治疗反应的关联癌症是免疫监视逃逸的结果，免疫抑制性肿瘤微环境对肿瘤的发展和治疗耐药性具有强烈影响。课题组基于深度生物信息学数据分析，结合单细胞和空间多组学数据，研究内在基因表达调控和外在环境因素对肿瘤微环境中免疫细胞身份转变的影响。基于此，课题组旨在开发重塑肿瘤微环境的潜在方法用于癌症治疗。课题组已经开发了一个全面的单细胞RNA测序数据资源TISCH （NucleicAcids Res. 2021, 2023），用于分析肿瘤微环境中的基因表达和细胞类型组成。课题组也构建了全癌种的细胞身份图谱TabulaTIME，并发现广泛存在的调节肿瘤免疫的纤维化生态型。目前，课题组正在与肿瘤学家和免疫学家紧密合作，研究不同类型癌症中肿瘤微环境演变和免疫治疗耐药性的机制（Cell 2024; Cancer Immunol. Res. 2023; Genome Med. 2023; EMBO J. 2023）。 研究成果 代表文章：#: 共同一作 *: 通讯作者2024：1.    Liu Q#,Zhang J#, Guo C#, Wang M#, Wang C#, et al., Zhang P*. Proteogenomiccharacterization of small cell lung cancer identifies biological insights andsubtype-specific therapeutic strategies. Cell 2024; 187 (1), 184-203. 2023：2.    Han T#et al., WangC*. Cancer Cells Resistance to IFN-γ via EnhancedDouble-Strand Break Repair Pathway. Cancer Immunol Res 2023; 11 (3), 381–398.3.    Wei H#et al., WangC*. SCREE: a comprehensive pipeline for single-cellmulti-modal CRISPR screen data processing and analysis. Brief. Bioinformatics 2023; 24 (3), bbad1234.    Ren P#et al., WangC*. SELINA:Single-cell Assignment using Multiple-Adversarial Domain Adaptation Networkwith Large-scale References. CellRep. Methods 2023; 3 (9)5.    Hu J#et al., WangC*, Zhang P*. Tumor microenvironmentremodeling after neoadjuvant immunotherapy in non-small cell lung cancerrevealed by single-cell RNA sequencing. Genome Medicine 2023; 15(1), 1-14.6.    Cao G# et al., Wang C*, Li F*. Single-cell dissectionof cervical cancer reveals key subsets of the tumor immune microenvironment. EMBO J. 2023; 42 (16), e110757. 7.    Han Y#et al., WangC*. TISCH2:expanded datasets and new tools for single-cell transcriptome analyses of thetumor microenvironment. NucleicAcids Res 2023; 51 (D1), D1425-D1431.8.    Shi X#et al., WangC*. HUSCH: anintegrated single-cell transcriptome atlas for human tissue gene expressionvisualization and analyses. NucleicAcids Res 2023;51 (D1), D1029-D1037. 2022：9.    Xu R#et al., WangC*, Liu X*, Ou X*, Gao S*.Stage-specific H3K9me3 occupancy ensures retrotransposon silencing in humanpreimplantation embryos. CellStem Cell 2022; 29(7), 1051-1066. (CoverStory)10. Sun D et al., Wang C*. STRIDE: accurately decomposing and integrating spatial transcriptomicsusing single-cell RNA sequencing. Nucleic Acids Res 2022; 50 (7), e42-e42.11. Dong X#et al., WangC*. Single-cellGene Regulation Network Inference by Large-scale Data Integration. Nucleic Acids Res 2022; 50 (21), e-126-e126.12. Liu Z et al.,WangC*. Evaluation of cell-cell interaction methods byintegrating single-cell RNA sequencing data with spatial information. Genome Biol 2022; 23(1), 1-38.13. WangC# et al., GaoS*. Dynamic nucleosome organization after fertilization revealsregulatory factors for mouse zygotic genome activation. Cell Res 2022; 32 (9), 801-813. (Cover Story) 2016-2021:14. Sun D#,et al., WangC*. TISCH: a comprehensive web resource enablinginteractive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment. Nucleic Acid Res 2021; 49 (D1), D1420-D1430.15.  WangC# et al., Liu XS*. Integrative analyses ofsingle-cell transcriptome and regulome using MAESTRO. GenomeBiol 2020; 21(1), 1-28.16.  Wang C# et al., GaoS*. Reprogramming of H3K9me3-dependent heterochromatin duringmammalian embryo development. Nat CellBiol 2018; 20(5), 620-631. 17.  Gao R#,Wang C#, et al., Gao S*. Inhibition of aberrant DNAre-methylation improves the development of nuclear transfer embryos. Cell Stem Cell 2018; 23(3), 426-435.18.  Liu X#, WangC#, et al., Gao S*. Distinct features of H3K4me3 andH3K27me3 chromatin domains in pre-implantation embryos. Nature 2016; 537(7621), 558-562. 19.  Liu W#, Liu X#, Wang C#,et al., Gao S*. Identification of key factors conqueringdevelopmental arrest of somatic cell cloned embryos by combining embryo biopsyand single-cell sequencing. CellDiscov 2016; 2(1), 1-15.  学生信息 研究生 孙冬青 董鑫 魏海霖 唐珂 刘朝阳 王玉婷 许云帆 邹启航 董中华 周天瑞 邵文文 学生信息 当前位置：教师主页 > 学生信息 入学日期 所学专业 学号 学位 招生信息 当前位置：教师主页 > 招生信息 招生学院 招生专业 研究方向 招生人数 推免人数 考试方式 招生类别 招生年份