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研究方向 本课题组方向为 生物信息学与计算基因组学。主要针对次世代测序技术 (如 ChIP-seq, Hi-C/Hi-ChIP/ChIAPET, RNA-seq/PROseq/GROseq, ATAC-seq, Bisulfite-seq, 单细胞测序等) 开展干实验工作。     更多信息请查看: 实验室官网   Please check our lab homepage (English) here      自我介绍：   王健康，东京大学医学博士。以往的研究围绕转录调控、染色体构造、多组学蛋白cohesin/CTCF、并开发相关的算法、工具和数据库。具有湿实验和干实验两方面的经验与成果。以第一作者在Nature Communications, Nucleic Acids Research, Briefings in Bioinformatics, iScience, Cell death and disease, Cancer letters, DNA Research 等sci顶刊上发表论文数篇。联系邮箱： wangjk321 [AT] hnu.edu.cn  (将[AT]替换为@)   研究方向：   课题组主要围绕“多组学”，具体类型有：   1. 开发基因组学相关的软件、算法和数据库 （可基于命令行CLI，网页web，或图形界面GUI）。重点为针对特定的生物医学问题开发软件，而非提升已有工具性能。 2. 大数据挖掘研究生物医学问题 （公共数据或合作研究新数据）。重点为大规模多组学数据 （large-scale multi-omics）在人类疾病中的应用 。   关心的科学问题：   1. 表观遗传组学 （如ChIP-seq，ATAC-seq等） 2. 三维基因组学与染色体构造 （如Hi-C，ChIA-PET等） 3. 转录调控机制（Cohesin蛋白，顺式作用元件cis-regulatory module） 4. 多组学联合分析（Large-scale multiomics integration） 5. 疾病基因组学（如遗传病CdLS，肿瘤基因组学等）。 6. 生物信息学软件与数据库开发 。 7. 机器学习/深度学习。 8. 单细胞多组学。

教育背景

招聘与招生 充分尊重成员自主意愿，可以选择自己想做的方向，大方向还是生物信息学与基因组学。本课题组主要涉及到编程语言为 Linux/Shell, Python, R, JavaScript, Docker, HTML/CSS, Django, MySQL, C++, Java.     优秀成员可推荐前往东京大学, 九州大学等日本知名高校交流学习或工作。   PS: 本课题组论文成果等，严格按照实际贡献进行作者排名，实事求是。由于我自己也亲自做科研，所以会有我第一作者的文章。 招收硕士生：对计算机和生物医学有兴趣，愿意学习编程（不要求有编程能力），英语良好。 招收博士生：有生物信息学经验，受过体系化的科研训练，发表过sci论文的优先。 招收博士后：熟练生物信息学（有使用服务器经验或掌握一门编程语言），且至少发表过一篇sci论文。 科研助理：按湖南大学有关规定执行 助理教授：按湖南大学有关规定执行。

工作履历

学习与工作经历 学习： 2010—2014，天津大学，学士，药学 2014—2017，中山大学，硕士，药理学 2018—2023，东京大学，医学博士，基础医学   工作： 2023-2023.5  东京大学  Project Researcher 2023.6-至今  湖南大学  副教授,  博士生导师，PI，岳麓学者   语言： 中文 (Native)，英语 (Fluent)，日语 (JLPT N1)

研究领域

学术论文 Wang J, Nakato R. Churros: A docker-based pipeline for large-scale epigenomic analysis. DNA Research, 2024, 31, 1-11.    Nakato R#, Sakata T#, Wang J, et.al. Context-dependent 3D genome regulation by cohesin and related factors. Nature Communications, 2023, 14 (1), 5647   Wang J, Nakato R. Comprehensive multiomics analyses reveal pervasive involvement of aberrant cohesin binding in transcriptional and chromosomal disorder of cancer cells. iScience, (2023): 106908. （IF=6.1, Cell Press子刊, JCR Q1）   Wang J, Nakato R. CohesinDB: a comprehensive database for decoding cohesin-related epigenomes, 3D genomes and transcriptomes in human cells. Nucleic Acids Research, gkac795, 2022 (IF=19.160 , JCR Q1)   Wang J, Bando M, Shirahige K, Nakato R. Large-scale multi-omics analysis suggests specific roles for intragenic cohesin in transcriptional regulation. Nature Communications, 2022, 13(1): 1-13., 2022. (IF=17.694, JCR Q1)   Wang J, Nakato R. HiC1Dmetrics: framework to extract various one-dimensional features from chromosome structure data. Briefings in Bioinformatics, bbab509, 2021. (IF=13.994,  JCR Q1)   Wang J # (共同第一作者), Wen S# (导师排名第一), et.al.Novel combination of histone methylation modulators with synergistic therapeutic activity against acute myeloid leukemia in vitro and in vivo. Cancer Letters, 2017, 413:35-45. (IF=9.756, JCR Q1)    Wang J, Luo B, Li X, et.al. Inhibition of cancer growth in vitro and in vivo by a novel ROS-modulating agent with ability to eliminate stem-like cancer cells. Cell Death & Disease, 2017 Jun 22;8(6):e2887. (IF=9.768, JCR Q1)    Luo B #, Wang J #, et.al. New Mild and Simple Approach to Isothiocyanates: A Class of Potent Anticancer Agents. Molecules, 2017 Jun 1;22(6). pii: E773. (IF=4.927, JCR Q2)    # These authors contribute equal.

学术成果

科研项目 湖南大学，高层次人才启动基金，2023--2031，主持   基础与应用基础研究基金，青年项目，2024-2026，主持   湖南省自然科学基金， 青年项目，2024-2026，主持