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杨学勇一直致力于研究黄瓜果实形态建成与株型发育的遗传与分子机制，取得了一系列系统性的原创研究发现，主要包括，一、完善了黄瓜的功能基因研究体系。包括构建了黄瓜的EMS诱变的突变体库，创建了葫芦科多种作物通用的遗传转化和基因编辑体系。二、解析了表观遗传调控和乙烯剂量调控黄瓜果实伸长的遗传和分子机制。三、克隆了控制葫芦科作物株高、节间长度，侧枝发育，卷须发育的关键基因，揭示了一类TCP转录因子调控作物株型发育的保守新机制，并通过基因编辑创造了无卷须黄瓜新种质。共发表SCI论文17篇，被SCI他引400余次；其中以通讯/第一在植物领域权威期刊《自然植物（Nature Plants）》、《植物细胞（The Plant Cell）》、《分子植物（Molecular Plant）》、《植物生理学（Plant Physiology）》等发表多篇学术论文。获2018年中国农业科学院青年科技创新奖（7/8），获国家自然科学基金“优青”基金、中国农科院农科英才领军人才B类资助。研究成果提高了蔬菜发育生物学的基础研究水平，对推动果型和株型的改良育种具有重要的指导意义。